En 1928, un equipo de científicos noruegos habían estudiado los efectos que producía la sífils sin tratar en un grupo de varios cientos de hombres blancos. Sin embargo, debido a que no habían podido estudiar el desarrollo de la enfermedad, las conclusiones extraídas del mismo estaban incompletas y no podían utilizarse para buscar una cura. Debido a ello, el grupo que fundó el experimento Tuskegee decidió llevar a cabo una investigación en la que pudieran estudiar desde el primer momento los efectos de la enfermedad. Los científicos razonaron que realmente no dañarían a los participantes al hacerlo, ya que de todas maneras era muy poco probable que recibiesen tratamiento. Además, creían que lo que descubrieran beneficiaría a toda la humanidad. Así comenzó el experimento, al principio como un estudio epidemiológico que solo debería durar 6 meses. En ese momento, se creía que la enfermedad afectaba a las personas de manera distinta en función de su etnia, por lo que se escogió únicamente a participantes afroamericanos. Teóricamente, tras esos seis meses sin tratamiento, se debía tratar de curar a los pacientes con los métodos disponibles en la época. Sin embargo, al poco de comenzar con el experimento, los fondos disponibles para el mismo se retiraron. Los investigadores, desesperados por continuar con su estudio, decidieron cambiar la naturaleza del mismo y utilizarlo para descubrir los efectos a largo plazo de la sífilis cuando no se trata. Así comenzó realmente el experimento Tuskegee. En un principio, el experimento era llevado a cabo de forma totalmente abierta, ya que ninguno de los tratamientos para la sífilis era realmente efectivo. Sin embargo, esto cambió con el descubrimiento de que la penicilina podía acabar con la enfermedad de forma sencilla, rápida y sin efectos secundarios. Cuando esto ocurrió, los investigadores se dieron cuenta de que si sus pacientes recibían un tratamiento con penicilina, el estudio se terminaría de inmediato al eliminarse la enfermedad. Por ello, decidieron hacer todo lo que pudieran para impedir que los 600 participantes tuviesen acceso al medicamento. Por ejemplo, durante la Segunda Guerra Mundial, 250 de los participantes en el estudio fueron reclutados para luchar en el ejército de los Estados Unidos; pero al estar infectados con la enfermedad, tenían que someterse a un tratamiento con penicilina antes de poder hacerlo. Sin embargo, los miembros del Servicio de Salud Pública (SSP) impidieron que esto pudiera ocurrir. Algo similar ocurrió a partir de 1947, cuando el gobierno de los Estados Unidos creó varias campañas de salud pública para erradicar la sífilis y abrió centros de tratamiento rápido en los que cualquiera podía solicitar que le curasen con penicilina. Para evitar que los participantes del experimento acudieran a ellos, los científicos les mintieron, diciendo que ya les estaban administrando la cura cuando en realidad solo les daban placebo. El primer científico que se opuso abiertamente al experimento Tuskegee fue Irwin Schatz, un médico de Chicago que acababa de salir de la universidad. En 1965, Schatz leyó un artículo sobre el estudio, y decidió escribirle una carta a los investigadores en la que decía que se trataba de una investigación totalmente en contra de la ética y la moral. La carta fue ignorada por completo por parte de los investigadores; pero pronto, comenzaron a recibir muchas más críticas. Por ejemplo, en 1966 un científico llamado Peter Buxtun escribió a la comisión que se encargaba del experimento para expresar la necesidad de terminar con él. Sin embargo, el Centro para el Control de Enfermedades se reafirmó en su intención de continuar con la investigación hasta el final. Varias personas más realizaron intentos individuales de clausurar el estudio durante los años siguientes, sin éxito. Finalmente, en 1972 Buxtun acudió a la prensa, y la historia se publicó en el Washington Star y el New York Times el 25 de julio. Como consecuencia, el senador Edward Keneddy pidió que se investigara el experimento de forma más detenida. Así, en el verano de ese mismo año, una comisión de expertos examinó las condiciones de la investigación y decidió que se trataba de un estudio que iba en contra de la ética, y que no estaba justificado a nivel médico. Debido a ello, el Senado ordenó su desmantelamiento.
Cuando el estudio finalmente se clausuró en 1972, solamente 74 de los 600 participantes iniciales permanecían con vida. De los 399 que habían comenzado el estudio con sífilis en estado latente, 28 habían muerto a causa de la enfermedad, pero otros 100 lo habían hecho por complicaciones relacionadas con ella. Por si esto fuera poco, 40 de sus esposas habían contraído la infección, y 19 niños nacieron con sífilis congénita.
Como parte de la compensación para los pocos participantes que aún seguían con vida, el gobierno de los Estados Unidos tuvo que pagar 10 millones de dólares (equivalente a unos 51 millones actuales) y se comprometió a proporcionar tratamiento médico gratuito tanto a los supervivientes como a los miembros de sus familias que lo necesitaran.
Además, para evitar que volvieran a darse situaciones similares en el futuro, el Congreso de los Estados Unidos creó en 1974 una comisión destinada a estudiar y regular cualquier tipo de estudio científico del país en el que participen personas.
Con los años, los requerimientos para llevar a cabo un experimento con humanos se volvieron más estrictos, en parte debido al experimento Tuskegee.
Años más tarde, en 1997, el presidente Bill Clinton dio un discurso en el que se disculpó públicamente en nombre del gobierno del país por los hechos ocurridos durante los años en que se llevó a cabo el estudio.
Finalmente, en el 2009, se creó el Centro de Bioética en el Legacy Museum, con el objetivo de honrar la memoria de los cientos de personas que murieron en el transcurso del experimento.